GreenLab Biotech — Dashboard Benchling SDK

Resumen semanal

🧬

Secuencias registradas

+12 esta semana · 412 total

🧊

Muestras en inventario

614

3 ultracongeladores · 82% ocupado

⚠️

Alertas de inventario

6 sin barcode · 2 inactivas +180 d

⚗️

Tareas completadas

de 38 esta semana · 82% eficiencia

Importación masiva de secuencias — Script 1

Secuencias TaHSP importadas esta semana 12 OK

ID Benchling	Gen	Especie	pb	Estado
seq_GL0401	TaHSP26-A1	T. aestivum	702	Registrada
seq_GL0402	TaHSP26-B1	T. aestivum	698	Registrada
seq_GL0403	TaDREB1	T. aestivum	1032	Registrada
seq_GL0404	TaLEA-D34	T. durum	564	Registrada
seq_GL0405	TaWRKY10	T. aestivum	891	Registrada
seq_GL0406	TaSOD-Cu/Zn	T. aestivum	453	Registrada
seq_GL0407	TaCBF3	T. monococcum	756	Duplicado
seq_GL0408	TaP5CS	T. aestivum	1244	Registrada
seq_GL0409	TaNHX2	T. aestivum	1615	Registrada
seq_GL0410	TaVP1	T. aestivum	987	Registrada
seq_GL0411	TaRAB18	T. durum	432	Registrada
seq_GL0412	TaGI-1	T. aestivum	3201	Registrada

Log de ejecución — bulk_import.py Completado

[2026-06-16 07:01:02] Iniciando importación masiva FASTA [07:01:02] Tenant: greenlab.benchling.com [07:01:02] Folder destino: fld_GL_secuencias_2026 [07:01:03] ✓ Autenticación OK — Usuario: lab.automation@greenlab.es [07:01:03] Leyendo TaHSP26_variants.fasta (12 secuencias) [07:01:04] ✓ seq_GL0401 TaHSP26-A1 (702 pb) → registrada [07:01:04] ✓ seq_GL0402 TaHSP26-B1 (698 pb) → registrada [07:01:05] ✓ seq_GL0403 TaDREB1 (1032 pb) → registrada [07:01:05] ✓ seq_GL0404 TaLEA-D34 (564 pb) → registrada [07:01:06] ✓ seq_GL0405 TaWRKY10 (891 pb) → registrada [07:01:06] ✓ seq_GL0406 TaSOD-Cu/Zn (453 pb) → registrada [07:01:07] ⚠ seq_GL0407 TaCBF3 — ya existe en registro (skipping) [07:01:07] ✓ seq_GL0408 TaP5CS (1244 pb) → registrada [07:01:08] ✓ seq_GL0409 TaNHX2 (1615 pb) → registrada [07:01:08] ✓ seq_GL0410 TaVP1 (987 pb) → registrada [07:01:09] ✓ seq_GL0411 TaRAB18 (432 pb) → registrada [07:01:09] ✓ seq_GL0412 TaGI-1 (3201 pb) → registrada [07:01:10] Exportando reporte → sequences_import_20260616.csv [07:01:10] ✓ COMPLETADO: 11 nuevas · 1 duplicado · 0 errores [07:01:10] Tiempo total: 8.3s

# bulk_import.py — fragmento clave
from Bio import SeqIO
from benchling_sdk.models import DnaSequenceCreate

for record in SeqIO.parse("TaHSP26_variants.fasta", "fasta"):
    benchling.dna_sequences.create(
        DnaSequenceCreate(
            name=record.id,
            bases=str(record.seq),
            is_circular=False,
            folder_id="fld_GL_secuencias_2026",
            schema_id="ts_dna_drought_tolerance",
            fields=benchling.models.fields({
                "proyecto": "EU-Horizon-2030",
                "investigador": record.description
            })
        )
    )
          

Auditoría de inventario — Script 2

🧊 ULT-01 (-80°C) — Lab A OK

Ocupación196 / 240 posiciones

Con barcode194 / 196

Concentración completa189 / 196

✓

Sin muestras inactivas

Todas las muestras movidas en <180 días.

🧊 ULT-02 (-80°C) — Lab B Alertas

Ocupación228 / 240 posiciones

Con barcode222 / 228

Concentración completa215 / 228

⚠

6 muestras sin barcode

cont_B217, cont_B219, cont_B224, cont_B228, cont_B231, cont_B235

⚠

95% de ocupación

Revisar y transferir antes de que se llene.

🧊 ULT-03 (-80°C) — Lab C Crítico

Ocupación190 / 240 posiciones

Con barcode190 / 190

Concentración completa178 / 190

🕐

2 muestras inactivas +180 días

cont_C044 (212 d) · cont_C089 (198 d) — notificación enviada a Dr. Molina

Workflows y actividad semanal

Estado de workflows activos

🔬

PCR Amplification

18 tareas · Assignee: equipo Lab A · wf_pcr_drought_2026

89%

16/18 completadas

🧪

Sanger Sequencing

20 tareas · Assignee: equipo Lab B · wf_sanger_2026

75%

15/20 completadas

📋

QC Inventory Check

Auto-generado por Script 2 · wf_qc_inv_20260616

NEW

0/8 asignadas

# Actualizar tareas completadas automáticamente
tasks = benchling.workflow_tasks.list(
    workflow_id="wf_pcr_drought_2026",
    status="pending"
)
for page in tasks:
    for task in page:
        if auto_validate(task):
            benchling.workflow_tasks.update(
                task_id=task.id,
                workflow_task=WorkflowTaskUpdate(
                    status_id="status_complete"
                )
            )
          

Secuencias registradas — últimas 8 semanas

Sem 7

Sem 8

Sem 9

Sem 10

Sem 11

Sem 12

Sem 13

Esta

Distribución por tipo de entidad

DNA Sequences67%

Custom Entities (constructos)22%

AA Sequences (proteínas)11%

8.3s

Tiempo de importación

3h → 2min

Tiempo informe manual → auto

EventBridge — Eventos recibidos esta semana

Stream de eventos Benchling → AWS Lambda (arn:aws:lambda:eu-west-1:123456789:function:greenlab-benchling-handler) Lambda activa

Timestamp	detail-type	Entidad	Acción Lambda	Estado
2026-06-16 07:01:04	v2.dnaSequence.created	seq_GL0401 TaHSP26-A1	Notificar Slack #lab-alerts	OK
2026-06-16 07:01:07	v2.entity.registered	seq_GL0407 TaCBF3	Crear entrada ELN duplicado	Skip
2026-06-14 14:22:11	v2.workflowTask.updated.status	task_pcr_0089 → complete	Actualizar KPI board	OK
2026-06-13 09:05:33	v2.entry.created	Experiment 2026-06-13 PCR TaHSP	Sync Google Drive /reports	OK
2026-06-11 16:48:02	v2.request.created	Request: Validated Sequencing Run	Crear tarea QC automática	OK

Impacto de la automatización

−3h/semana

Tiempo en informe manual

100%

Trazabilidad de muestras

0 errores

En importación FASTA

8 alertas

Proactivas vs 0 manuales

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